La destrucción alcanzó los laboratorios y bibliotecas de las altas casas de estudio y la adquisición más reciente y novedosa para la época, una computadora. A esto le siguió el éxodo de profesores e investigadores y la supresión de los organismos sindicales estudiantiles.
Una persecución se desplegó a los militantes de izquierda en las facultades. El éxodo de inteligencias, sobre todo en el ámbito científico, produjo un golpe a la investigación del que la Argentina todavía no se ha recuperado, más de 40 años después.

El 28 de junio el golpe militar encabezado Onganía, un militar de tendencias fascistas al que sus pares admiraban y en el que tenían gran confianza, derrocó al presidente Illía, hecho que fue repudiado por el rector de la Universidad de Buenos Aires, Hilario Fernández Long.
Como primera medida, el nuevo gobierno clausuró el congreso nacional y prohibió los partidos políticos. Al día siguiente, dio a conocer el "decreto ley" 16.912 que determina la intervención, prohibe la actividad política en las facultades y anula el gobierno tripartito (integrado por graduados, docentes y alumnos).

Los rectores se convertían en interventores delegados del ministerio de Educación si querían seguir en sus puestos, con dos días de plazo para seguir o renunciar.Ese mismo día, Onganía ordenó a la guardia de infantería de la policía Federal el desalojo de las facultades tomadas, pese a que las 48 horas de plazo todavía no se habían cumplido.
La represión se llevó a cabo con gases lacrimógenos, culatazos y bastonazos. Como resultado, hubo 400 estudiantes y profesores detenidos.

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